InnoDB habe ich hier testweise auch mal laufen gehabt. Das Problem ist, die DB wird mit InnoDB in etwa doppelt so groß wie in MyISAM. InnoDB ist auch super wenn man Transaktionen braucht, die brauchen wir aber fast nicht in FW. InnoDB hat allerdings in der Tat mehr Einstellungen was das I/O Verhalten anbelangt.
InnoDB ist auch in mancher Hinsicht deutlich schneller als MyISAM, je nach Anwendungsfall. Unterm Strich ists mir aber noch zu groß und bringt mir jetzt noch nicht genug Vorteile zu MyISAM, allerdings kann es durchaus sein, dass wir eines Tages zu InnoDB wechseln. In Tests lief es zumindest (auch wenn die konvertierung leider ewig dauert, länger als eine Stunde

). Auch ist das Verhalten von InnoDB anders, da müsste man sehr ausführliche Langzeittests machen, da mit InnoDB deadlocks auftreten können (ob sie defakto in FW auftreten würden in der Praxis weiß ich nicht).
MariaDB hatten wir in W3/4 lange Zeit am laufen, allerdings gab es dort eher Probleme damit, daher sind wir da wieder zu MySQL gewechselt. Seit MySQL 5.5 wurden auch ein paar Dinge da verbessert, so dass der Vorteil von MariaDB nicht mehr so groß ist. (Zugegeben, das ist auch schon wieder ein Jahr her, MariaDB mag seitdem besser geworden sein).
Dateisysteme haben wir bereits mehrere durchgetestet, leider haben sie keinen großen Unterschied gemacht.
Was I/O mässig bei MyISAM einen riesigen Unterschied macht, ist DELAY KEY WRITES einzuschalten, dann geht die I/O Last um 50% sofort zurück. Allerdings mache ich das eher ungern, weil Flushes der DB dann irre lahm werden und auch ein recovern der DB sehr viel langsamer wird, weil alle Indizes bei einem Crash neu berechnet werden müssen.
@itgchris: Ein paar LUNs auf einem schnellen FibreChannel SAN zu bekommen wäre natürlich das beste, das bietet nur unser RZ anbieter leider nicht an, und da wo es angeboten wird, sind wieder die Server schweineteuer.
@bwoebi: Also SSDs muss ich einfach mal schauen, ich höre eher schlechtes von SSDs in DB Servern in den Foren (teilweise mussten andere betreiber sie im 2 Monatstakt tauschen), aber generell wäre ich durchaus bereit es mal mit einer SSD zu versuchen.